Una posición adversa a los intereses de las comunidades indÃgenas, han expresado los conservacionistas, al parecer surgidas por posiciones emanadas de tres organizaciones americanas dedicadas a la conservación del medio ambiente, quienes llevaron a este gremio a manifestar que las prácticas productivas de los pueblos indÃgenas ponÃan en riesgo la biodiversidad. Estas quejas que han venido aumentando por parte de los conservacionistas de una década hacÃa estos tiempos, se refieren a lo difÃcil que se ha tornado la situación a partir del momento en que los indÃgenas han entrado en la insurgencia y la violencia. De ahà la cautela de parte de estos movimientos, quienes piensan que los pueblos indÃgenas no son buenos aliados y que ha veces escogen su bienestar económico por encima de la preservación de los recursos naturales.
La teorÃa -errónea para las comunidades indÃgenas- no toma en cuenta que la tierra es base de su identidad y las mujeres, el eje principal de la conservación de sus pueblos, su cultura y sus recursos. La relación entre pueblos indÃgenas y la biodiversidad es intrÃnseca, sus costumbres, conocimientos y prácticas demuestran que viven en armonÃa con la madre naturaleza y que es la sabidurÃa ancestral quien los impulsa a proteger los recursos forestales, animales y minerales de la explotación indiscriminada; un respeto que les impide alterar los ciclos naturales siendo por el contrario los más efectivos conservacionistas del planeta.
Según informaciones obtenidas por las comunidades, las tres organizaciones más importantes en materia de conservación del medio ambiente, Wildlife Fund (WWF), Conservación Internacional (CI), y The Nature Conservancy (TNC), excluÃan en la ejecución de sus programas, a los pueblos indÃgenas y tradicionales habitantes de los territorios que los conservacionistas estaban intentando proteger. En algunos casos también, habÃa quejas de que los conservacionistas estaban siendo abusivos. Las quejas han ido aumentado por más de una década, de manera paralela al extraordinario crecimiento de las mayores organizaciones de conservación.
La posición tiene un asunto de fondo, que se refiere a lo difÃcil que puede ser trabajar con las comunidades indÃgenas, y, como en lugares tales como Ecuador, Bolivia, y la región de Chiapas de México, los indÃgenas han entrado en la insurgencia y la violencia. De ahà la cautela por parte de varios movimientos conservacionistas, que piensan que los pueblos indÃgenas no son buenos aliados como ellos habÃan advertido convenientemente. Aducen, que los indÃgenas nos son, como la mayorÃa de las otras personas, iguales a los buenos conservacionistas, y que a veces escogen su bienestar económico por encima de la preservación de los recursos naturales. Muestran como ejemplo y prueba de las tendencias destructivas de los pueblos indÃgenas a los Kayapó en Brasil que cortan sus bosques y los Mayans que cortan y queman los bosques del Petén de Guatemala.