Por omisión a sus funciones, la Procuraduría General de la Nación formuló pliego de cargos al Mayor General Leonel Gómez Estrada, al Brigadier General Mario Montoya Uribe, comandante de la IV Brigada, y al Teniente Coronel Orlando Pulido Rojas, comandante del batallón Manosalva Flórez, por los hechos acontecidos el 2 de mayo de 2002 en la población de Bojayá (Chocó), donde fallecieron 119 personas en medio de combates entre el Frente José María Córdoba de las FARC EP y el Bloque Élmer Cárdenas de las Autodefensas Unidas de Colombia.
De acuerdo con las investigaciones efectuadas por el Ministerio Público, los tres miembros de la Fuerza Pública omitieron los distintos indicios que señalaban un inminente peligro para la población civil asentada en la zona.
En el caso del Mayor General Leonel Gómez Estrada, la Procuraduría determinó que al parecer hubo omisión al no diseñar una estrategia de seguridad y defensa en el Medio Atrato, luego de que organismos como la Defensoría del Pueblo y el Alto Comisionado de Naciones Unidas alertaran y advirtieran una serie de hechos como la salida - 21 de abril de 2002 - de alrededor de 300 hombres de las AUC de la población de Turbo en 6 pangas (lanchas), con el objeto de disputarse militarmente con las FARC EP los municipios de Vigía del Fuerte (Antioquia) y Bojayá (Chocó).
En el caso del Brigadier General Mario Montoya Uribe, comandante de la IV Brigada, la Procuraduría indica que también hubo omisión al no hacer presencia en las jurisdicciones de Vigía del Fuerte y Bojayá, para brindar seguridad y protección a los derechos humanos de la población.
Para el caso del Teniente Coronel Orlando Pulido Rojas, comandante del batallón Manosalva Flórez con sede en la ciudad de Quibdó, el Ministerio Público determina que al parecer se incurrió en falta grave el omitir la conservación y protección de los derechos humanos de la población, al actuar con negligencia en el cumplimiento de sus funciones.
La Procuraduría se abstuvo de formular pliego de cargos por los mismos hechos al General (r) de la Policía Nacional, Jorge Enrique Linares Méndez, al Coronel del Ejército Ricardo Hernando Díaz Torres, Oficial de Operaciones de la IV Brigada y al Capitán de Fragata de la Armada Nacional William Uriel Ruiz, Comandante del Batallón Fluvial de Infantería de Marina No. 50.
Recuento de una tragedia alertada
El día 21 de Abril salieron de la población de Turbo (Antioquia), seis pangas (canoas grandes) con un destacamento de por lo menos 300 hombres armados pertenecientes al Bloque Élmer Cárdenas de las AUC. Las pangas recorrieron el río Atrato y pasaron por un retén militar ubicado en el municipio de Ríosucio. Posteriormente, incursionaron a los cascos urbanos de los municipios de Bojayá y Vigía del Fuerte, mientras los hombres del Frente José María Córdoba lanzaban una estrategia militar sobre los ríos afluentes al Atrato para acordonar a las AUC.
Por su parte, la Defensoría del Pueblo, el Alto Comisionado de Naciones Unidas, la Diócesis de Quibdó y la Organización Regional Indígena Emberá Waunaan (OREWA) lanzaron alertas tempranas sobre las posibles consecuencias de la incursión, advirtiendo el riesgo inminente que corrían los moradores de la zona ante posibles enfrentamientos entre los bandos.
El día 1 de mayo las FARC EP arriban a los cascos urbanos de Bojayá y Bellavista. De inmediato atacan a los hombres de las AUC, iniciándose una fuerte confrontación armada y dejando a la población civil en medio del fuego cruzado. El cura párroco de Bellavista decide, entonces, congregar a la población al interior de la iglesia y en la casa de las Hermanas Agustinas Misioneras. No obstante, el ataque lanzado por las FARC EP es tan fuerte que obliga a que las Autodefensas se refugien en los mismo lugares en los que se concentran la población civil, utilizándolos como escudos humanos.
EL día 2 de mayo, en medio de la confrontación armada, una pipeta explosiva lanzada por las FARC EP cae al interior de la capilla, registrándose la muerte de 119 personas, 40 por ciento de ellas menores de edad, y heridas a 95 más.